补充住房公积金制度是住房公积金制度的一种补充，基本特征与公积金相同，是一种长期的住房储金，用于职工的住房消费，属于职工个人所有。

补充住房公积金的月缴存额等于职工本人上一年度的月平均工资乘以职工、单位的补充住房公积金缴存比例。职工本人和单位的补充住房公积金的缴存比例，分别不得大于各9%和少于各1%。具体缴存比例，根据单位的实际情况确定。

职工缴存的补充住房公积金，由单位在职工每月工资收入中代为扣除;单位为职工缴存的补充住房公积金，由单位承担。单位为职工缴存的和代扣的补充住房公积金，由单位自发放月工资之日起五日内，存入市公积金管理中心在市建行房地产信贷部设立的补充住房公积金专户内，并且计入职工个人补充住房公积金账户。

由于补充公积金账号和基本公积金账号存在关联，借款人在办理冲还贷手续时只要提供了基本公积金账号，计算机在扣款时就会根据关联规则自动从对应的补充公积金账户内进行扣款，扣款顺序先扣基本公积金账户，后扣补充公积金账户。

与公积金的差别

一、首先，住房公积金的缴存是强制的，而补充住房公积金的缴存是自愿的;

二、其次，从缴存范围来看，补充住房公积金的缴存范围在住房公积金缴存范围的基础上增加了限制，规定只有足额缴纳税款的企业和自收自支的事业单位及其所属职工可以参加补充住房公积金;

三、再次，住房公积金的缴存比例为单位、个人各7%，其缴存额有上下限的限制，而补充住房公积金单位和个人的缴存比例，分别在不大于各8%不小于各1%的范围内，由单位自行确定，其缴存额没有上下限限制。